#データ読み込み
kaplan=read.csv("kaplan.csv")

#生存率計算
library(survival)
res1=survfit(Surv(time,cens)~treatment,data=kaplan)
summary(res1)

#グラフ作成
plot(res1,lty=c(1,2))
plot(res1,lty=c(1,2),xlab="Month",ylab="Survival rate")
legend("topright", legend=c("Old","New"), lty=c(1,2))

#logrank検定
res2=survdiff(Surv(time,cens)~treatment,data=kaplan,rho=0)
res2
res2$chisq

#一般化Wilcoxon検定
res3=survdiff(Surv(time,cens)~treatment,data=kaplan,rho=1)
res3
res3$chisq

#Cox比例ハザードモデル
kaplan2=read.csv("kaplan2.csv")
res4=coxph(Surv(time,cens)~treatment+age+SNP,data=kaplan2)
summary(res4)