#データ読み込み
metabol=read.csv("metabol.csv",row.name="name")
head(metabol)

#ライブラリ読み込み
install.packages("proxy")
install.packages("gplots")
library(proxy)
library(gplots)

#距離の計算とクラスタリング
d1=dist(metabol, method="euclidean")
d1
c1=hclust(d1,method="ward.D2")
plot(c1,hang=-1) 
rect.hclust(c1,k=2)
gr1=cutree(c1,k=2)
gr1

#Canberra距離
d1b=dist(metabol,method="canberra")
c1b=hclust(d1b,method="ward.D2")
plot(c1b,hang=-1)

#群平均法
d1=dist(metabol, method="euclidean")
c1c=hclust(d1b,method="average")
plot(c1c,hang=-1)

#ヒートマップ
d2=dist(t(metabol),method="euclidean")
c2=hclust(d2,method="ward.D2")
plot(c2,hang=-1)
heatmap.2(as.matrix(metabol),Rowv=as.dendrogram(c1),Colv=as.dendrogram(c2),density.info="none",trace ="none")