#データ読み込み
PCA=read.csv("PCA.csv",row.name="name")

#相関の確認と主成分分析
library(MASS)
cor(PCA)
res=princomp(PCA,cor=TRUE)
summary(res)
names(res)
PCload=t(res$sdev*t(res$loadings))[,drop=FALSE]
PCload
res$sdev^2
res$scores
biplot(res)

#クラスター分析
PCAdist=dist(PCA,method="canberra")
PCAclust=hclust(PCAdist,method="ward.D2")
plot(PCAclust,hang=-1)
rect.hclust(PCAclust,k=3)
gr=cutree(PCAclust,k=3)
gr

#グラフへの反映（カラー表示）
plot(res$scores, type="n")
text(res$scores[,1],res$scores[,2],labels=rownames(res$scores),col=c(gr))
arrows(0,0,PCload[,1],PCload[,2],col="blue")
text(PCload[,1],PCload[,2],labels=rownames(PCload),col="blue")